日本の判例上は、「カフェー丸玉女給事件」(大審院判決昭和10年4月25日 法律新聞3835号5頁)において、「自然債務」が認められたとされる。もっとも大審院は「特殊の債務関係」としか言っておらず、「自然債務」という術語を直接に用いているわけではない。
自然債務の例として、
消滅時効にかかった債務や、
破産決定後に免責決定を受けた債務者の債務が挙げられる。
我妻榮は、
利息制限法上の制限利息を超過して支払われた利息について、自然債務であるとするが、判例上は、不当利得として返還請求の対象になっており、自然債務として扱われていない。